Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 19 Tahun 2019 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama

Seksi Pendidikan Madrasah bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.